FT Niila Jouppila etsii vastauksia virusten viitoittamalta tieltä

Tampereen yliopistossa marraskuussa 2023 väitellyt Niila Jouppila työskentelee professori Heikki Hyödyn virologian tutkimusryhmässä. Ryhmässä muun muassa tutkitaan rokotetta, jolla toivotaan voitavan ehkäistä tyypin 1 diabetesta.

Jouppila kehitti solu- ja molekyylibiologian alaan kuuluvassa väitöstutkimuksessaan uusia työkaluja, joita voidaan käyttää enterovirusinfektioiden ja niiden aiheuttamien immuunivasteiden tutkimisessa.

Enterovirusinfektio on helposti tarttuva, sen voi saada pisaratartuntana tai ulosteiden kautta. Enterovirukset aiheuttavat esimerkiksi kausiflunssaa ja enterorokkoa, mutta ne on yhdistetty myös kroonisten sairauksien, kuten tyypin 1 diabeteksen kehittymiseen.

– Enterovirusten ja kroonisten sairauksien puhkeamisen yhteyden osoittaminen on kuitenkin haastavaa, koska enterovirusdiagnostiikassa yleisesti käytetty testimenetelmä ei sovellu aiemmin sairastetun virusinfektion osoittamiseen, Jouppila kertoo.

Jouppilan väitöstutkimuksessaan kehittämät työkalut mahdollistavat enterovirusten tautiyhteyksien tutkimisen valmiiksi kerätyistä potilasaineistoista, kuten esimerkiksi pitkittäistutkimuksissa kerätyistä verinäytteistä tai tyypin 1 diabetesta sairastavien haimakudosnäytteistä.

– Näitä testaustyökaluja ovat esimerkiksi vasta-aineet, joilla enterovirus voidaan värjätä kudosnäytteistä, tai virusproteiinit, joiden vasta-aineita voidaan etsiä potilasnäytteistä infektiohistorian selvittämiseksi, Jouppila selventää.

Onko taustalla muutakin?

Väitöskirjatutkimuksensa jälkeen Jouppila on jatkanut syventymistään enteroviruksiin ja tyypin 1 diabetekseen.

– Kehitän edelleen testejä, joiden avulla voitaisiin jäljittää, mikä virus tai bakteeri saattaa olla laukaiseva tekijä tyypin 1 diabeteksen taustalla. Samoja testejä voidaan käyttää muidenkin kroonisten tautiyhteyksien tutkimiseen.

Toistaiseksi eniten näyttöä on enteroviruksiin kuuluvien coxsackie B -virusten yhteydestä tyypin 1 diabetekseen, ja myös parhaillaan käynnissä oleva rokotetutkimus kohdistuu niihin.

– Minun roolini on tunnistaa myös mahdollisia muita taudinaiheuttajia. Eli selvittää voisiko tyypin 1 diabeteksen puhkeamisen laukaista jokin muukin patogeeni kuin nyt epäilty enterovirus.

Viruksia ja niiden perimää tutkimalla voidaan Jouppilan mukaan löytää yhdistäviä tekijöitä, joiden perusteella tulevista rokotteista saatetaan saada vieläkin tehokkaampia.

– Tämä voi mahdollistaa sellaisten rokotteiden kehittämisen, jotka suojaisivat useammalta virukselta samanaikaisesti.

Tällä hetkellä Jouppilaa kiinnostaa myös tarkempi perehtyminen lääkeaineiden kehittämistä vauhdittavan laskennallisen biologian menetelmiin.

– Konkreettisesti se tarkoittaa tietokoneella tehtävää tilastotieteellisestä tutkimusta. Näillä menetelmillä voidaan esimerkiksi saada ihmissilmällä havaittavaa tietoa tarkempaa informaatiota soluista, joissa on krooninen enterovirusinfektio.

Enterovirus yhdistää tutkijoita

Tyypin 1 diabetesta sairastavilta saatuja haimakudosnäytteitä tutkimalla on saatu selville, että jopa 80 prosentilla heistä on enterovirusta haiman soluissa. Terveiden vertailuhenkilöiden haimoista enterovirusta löytyy noin 40 prosentilta. Samoin on havaittu, että tyypin 1 diabetekseen sairastuneiden lasten synnynnäinen immuunivaste enterovirukseen on heikko. Arvellaan, että heidän elimistönsä poikkeava kyky reagoida kohtaamaansa taudinaiheuttajaan johtaa krooniseen enterovirusinfektioon haimassa.

– Tulevissa tutkimuksissa tavoitteenani on osoittaa eroja tyypin 1 diabetekseen sairastuneiden ja terveiden henkilöiden synnynnäisessä immuunivasteessa enterovirusinfektioon sekä saada uutta tietoa siitä, miksi infektio aiheuttaa toisilla beetasolutuhon haimassa ja toisilla ei, Jouppila selvittää.

Hän toivoo työnsä auttavan myös tyypin 1 diabeteksen riskissä olevien aiempaa paremmassa tunnistamisessa.

– Jos löydämme biomarkkereita, jotka kertovat henkilön sairastumisriskistä enteroviruksesta aiheutuvaan tyypin 1 diabetekseen, voimme edesauttaa lääkeaine- ja rokotekehitystä myös tätä kautta.

Jouppila tekee tutkimusyhteistyötä muun muassa Diabetestutkimussäätiön apurahan enterovirustutkimuksiinsa jo aiemmin saaneiden Jutta Laihon(avautuu uuteen ikkunaan) ja Sami Oikarisen(avautuu uuteen ikkunaan) kanssa.

– Yksittäinen tutkija ei yksin pysty ratkaisemaan tutkimuskysymyksiä edes apinan raivolla. Tiivis yhteistyö niin tutkijoiden kuin alaa opiskelevien ja laboratoriohenkilökunnan kesken on korvaamattoman arvokasta, Jouppila huomauttaa.

Eteenpäin pätkä kerrallaan

Biokemian opinnot Tampereen yliopistossa vuonna 2011 aloittanut Jouppila sai mahdollisuuden väitöstutkimuksen tekoon vuonna 2015, jolloin hän aloitti tutkijana professori Vesa Hytösen ryhmässä.

– Olin tuolloin gradun viimeistelyä vaille valmis filosofian maisteri, mutta saanut jo opiskeluaikana jalan tutkimusmaailman oven rakoon Markku Kulomaan ja Susanna Miettisen tutkimusryhmissä. Väitöskirjaprojekti avasi minulle myös mahdollisuuden tutkimustekniikkaosaamiseni täydentämiseen Karoliinisessa instituutissa Ruotsissa, Jouppila kertaa tietään tutkimuksen pariin.

Hän sanoo tottuneensa tutkimusrahoituksen ja työn jatkuvuuden epävarmuuteen.

– On tavallista, että rahoitusta on tiedossa vain muutamiksi kuukausiksi kerrallaan. Väitöskirjatutkijan täytyy väitöstyönsä aikana opetella myös rahoituksen hakemista. Ketjuttamalla lyhytkestoisiakin apurahakausia pääsee eteenpäin, jokainen apuraha on iso apu.

Jouppilan tavoitteena on jatkaa pätevöitymistään tutkijana ja edetä niin sanotulle tenure track -urapolulle, joka mahdollistaisi vakaammat näkymät yliopisto- ja tutkimusmaailmassa etenemiseen. Vastapainoa vaativalle työlle tarjoavat koira- ja soittoharrastukset.

– Minulla ja puolisollani on kaksi shiba-rotuista koiraa, 34-vuotias Jouppila iloitsee rodun kuvauksessa älykkäiksi, itsenäisiksi ja itsepäisiksi kuvatuista pystykorvaisista perheenjäsenistään.